Una soluzione è utilizzare Acrobat che ti permette di fare alcune piccole modifiche, ma non credo si possa prendere un file e stravolgerlo (forse con la versione 6 si, ma cmq non si tratta di un editor di testo), altrimenti devi procurarti un buon programma di scansione che supporti il riconoscimento dei pdf (OmniPage!?!): questo te lo acquisice come una pagina dallo scanner.

Ciao!