Prova cosi`:

var val1 = parseFlaot(ff.c1.value.replace(/\,/,".");
var val2 = parseFlaot(ff.c2.value.replace(/\,/,".");
var difn = val1 - val2;
var dif = string(difn);
dif = dif.replace(/\./,",")
ff.c3.value = dif;


Se hai problemi inseisci degli alert, per verificare i passaggi intermedi:

var difn = val1 - val2;
alert("passo 1 - difn="+difn);
var dif = string(difn);
alert("passo 2 - dif = "+dif);

Ciao
Michele