ho appena fatto una cosa molto simile alla tua anche se era in php...praticamente da una pagina principale apro un pop1 che poi fa un submit. se nn apri altri popup dovrebbe tenerti la pagina padre
...se apri un nuovo popup...l'ultimo terrà come pagina padre pop1

quindi l'unico consiglio che ho da darti è di provare a fare come me:
pagina1-->apertura pop1 --> submit a pagina2 sempre dentro pop1 --> chiusura pop1 e refresh pagina1

buona fortuna!