Le pagine PHP sono viste e catalogate dai motori?
Sì, ma è il caso di non esagerare con i parametri passati nell'URL (un paio al massimo) e di non usare parametri con nome "id" o "sid".


Gli include HTML dentro le pagine PHP sono visibili ai motori e quindi il testo in essi incluso?
Sì.

Il PHP e gli include (SSI) non esistono, agli occhi di un browser/spider. Esiste solo HTML, quindi il problema non si pone.