io ho avuto lo stesso problema, con una storedprocedure che mi restituiva 40.000 record e la select che usavo era piena di join.
solo che non ho risolto io direttamente il problema, appena so qualcosa ti faccio sapere.
Intanto, ti è possibile verificare a quanto è impostato il TimeOut del server? non della connessione tua eh!