Per (ovvie) questioni di sicurezza, non puoi lanciare file eseguibili da uno script in linguaggio JavaScript.

Il massimo che puoi fare è reindirizzare il browser al percorso, locale o remoto, del file eseguibile che farebbe apparire comunque la richiesta di Internet Explorer (o di qualsiasi altro browser in uso) che consente di aprire direttamente il file o salvarlo prima su disco.