Il javascript va messo nella cartella principale del tuo sito...oppure in una sua sottocartella...

basta che dopo fai l'import in questo modo

(tra i tag head)
codice:
<script src='data.js' language='javascript'></script>
dove src='data.js' è il percorso relativo dello script...Per esempio se l'hai messo nella sottocartella 'script' diverrà
codice:
<script src='script/data.js' language='javascript'></script>