Il problema è che 98 se installato dopo XP (che è piu recente)non vede la partizione di xp e quindi siccome il file boot.ini viene creato dall'ultimo sistema operativo installato il tuo file non ha inserito xp perchè non lo vede.

Se tu hai partition magic prova a vedere se il programma contiene anche anche il programma boot magic.

Con questo programma puoi crearti un boot assestante dal boot .ini in modo tale da poter vedere entrambi i OS.