A parte il fatto che hai scaricato una versione vecchissima (c'è già JDK1.4.2), direi che è tutto normale.
Nella cartella bin ci sono tanti file exe da utilizzare da linea di comando.
I due comandi essenziali sono javac.exe (il compilatore) e java.exe (l'interprete).
javac.exe permette di compilare una classe Java per ottenere il relativo file .class
java.exe avvia il file .class per vederlo in esecuzione.
Ora non devi fare altro che aprire il tuo editor di testi preferito, cominciare a scrivere codice Java (creare una classe e ricordarti che il nome della classe deve essere uguale al nome del file, maiuscole e minuscole comprese), poi andare al prompt e digitare:
javac <nomeclasse.java>
ottenendo così uno o più file con estensione .class, e successivamente digitare
java <nomeclasse>
per vedere il tuo programma funzionare.
Ci sono tanti altri file exe nella cartella bin, ma prima è meglio che tu prenda confidenza con questi due, poi puoi dare un'occhiata anche agli altri...
Ciao.