allora visto che non ti funziona il setInterval fai una cosa del tipo:
se la finestra si chiude con un'animazione fai una cosa semplice metti sull'ultimo frame dell'animazione:

_root._func();

e in teoria si aprirà l'altra finestra alla chiusura completa della prima.

mi raccomando però che nel primo frame dell'animazione tu metta anche:
_root._func = funcCheNonFaNulla;

dichiarando:
function funcCheNonFaNulla(){}

così.