Sono un pò arrugginito su questi argomenti ma se ti apri due recordset, uno con la copia dei dati del DB access e uno vuoto che punta a SQLserver li cicli copiando il contenuto di uno nell'altro e poi fai un grosso update, magari il tutto all'interno di una o più transizioni?

Non vorrei avere detto delle ca##@te!

(a parte che se lo dovessi fare io, con un po di pazienza, ma utilizzerei delle sql, magari delle stored di sqlServer)