Ciao,

come li hai scritti tu la differenza è nulla, entrambi non hanno codice gestito da eseguire.

Mi spiego meglio:
sia <input type="submit">
che <asp:Button id="Button1" runat="server" Text="Invia"></asp:Button>
inviano il form as is sanza l'intervento di nessun handler di gestione.

In linea generale si può dire che utilizzando un controllo lato server (<asp:Button id="Button1" runat="server" Text="Invia" onClick="myFunction" /> o <input type="submit" runat="server" onClick="myFunction" />) è possibile eseguire una funzione che per esempio controlli i valori del form (anche se spesso è meglio utilizzare i validator); se invece non si usano controlli lato server non c'è alcuna differenza, puoi utilizzare sia uno che l'altro indifferentemente.

Spero di esserti stato utile.
Ciao