Nel realizzare la mia pagina avevo una .aspx che conteneve un .ascx
la quale a sua volta conteneva un form per la registrazione; mi serviva aprire un popUp per permettere la selezione di alcuni dati e poi cmq mmi serviva che questi dati fossero re-inviati alla pagina principale.
Inizialmente avevo lo stesso tuo problema poi mi sono accorto che durante il render della pagina i campi cambiavano nome; invatti .net aggiunge l'indirizzo del form di appertenenze...

Mi spiego meglio:
La mmia texbox si chiamava "myName" ma durante il render veniva rinomminata "_ctl1_myName" quindi è bastato correggere il nome e tutto ha preso a funzionare.

Per il resto il codice che usi è corretto il mio cmq era:

window.opener.document.forms[0]['_ctl1_myName'].value = myValue;

CIAO!!!