potresti aprire il popup usando una finestra di dialogo, che supporta un valore di ritorno:

valore = window.showModalDialog('pagina.html', '', 'dialogHeight:500px; dialogTop:20px; dialogWidth:700px; status:false;resizable:no;help:no');

mentre nella popup dopo che hai scelto il valore devi settare

window.returnValue = valore