Strano, infatti leggendo il JavaDoc di FileOutputStream con il booleano settato a true dovrebbe "appendere" il contenuto alla fine del file e non dell'inizio.
Strano davvero; prova a fare + inserimenti in maniera da renderti coto... può essere che all'inizio te l'abbia cancellato ma poi inizierà ad "appendere"; altrimenti non so...prova a postare il codice e vediamo.
Ciao