Le porzioni create da fireworks, sono già di default in un layer (web layer) a parte rispetto agli altri. Se modifichi l'immagine presente nei layer sottostanti non vai a toccare le porzioni.

Ti suggerisco però, per esperienza, di considerare la pagina e gli elementi che la compongono come elementi ben distinti del layout della pagina. Ad esempio avrai un menù (e le relative immagini in gif e nell'originale png), un header, un corpo della pagina....
Difficilmente ti si presenterà la necessità di modificare tutto. Se fai delle modifiche in un unico Png (chiamiamolo il master della pagina) potresti anche "sballare" le porzioni.

Considera che ciò che fa fireworks è solo creare delle tabelle, utili da copiaincollare nel tuo html, se usi le pagine create direttamente da fireworks diventi matto.

Ciao e buon natale