L'errore e' spesso nel richiamo allo script... presumo tu utilizzi una cosa simile:

<a href="javascript:....eccetera....">

Il comportamento risultante e' quanto ci si aspetta che il browser esegua: infatti il link punta giustamente ad un oggetto (la funzione richiamata) e dopo la sua esecuzione (con l'apertura della nuova finestra) il browser visulizza il link richiesto... il puntatore ad un oggetto.

Per evitare il "difetto" e' opportuno scrivere il link in questo modo:

<a href="#" onclick="window,open(...);return false;">

in cui l'ultima istruzione fa si che il browser si fermi e non carichi la pagina puntata dal link.

ciao