Se usi visualstudio fa più o meno tutto da solo.
comunque in linea di massima i file li puoi organizzare come preferisci, quando pubblichi però non pubblicare i .cs e .resx.

I file .cs contengono il codice sorgenti delle tue classi, quando compili, viene generata una dll che si trova dentro la cartella bin, la quale deve essere pubblicata.

Attenzione alla cartelle del db che deve avere ermessi particolari impostati (il db non deve poter essere scaricato, ma la cartella deve avere permessi di scrittura), e alle cartelle a cui pensi di dare i permessi di scrittura (per l'upload dei file per esempio)