La prova che mi proponi non ha tanto senso: infatti il problema in NN4 di solito è proprio la convivenza dei layout vecchio stile con le div posizionate absolute...

Comunque, lo stile che ti hanno proposto andrebbe corretto così per essere proprio perfetto:

<style>
div#messaggio {
position:absolute;
top:100px;
left:100px;
background-color: yellow;
border: thin solid red;
color: black;
width: 200px;
height: 200px;
z-index: 10;
}
</style>

(non vale la pena esagerare con lo z-index, tanto sei tu ad assegnare gli zindex nelle tue pagine, quindi non sbagli...)

Ciao!