Per permettere all'utente di inserire valori in modo interattivo basta usare il comando input:

codice:
tuaVariabile = input('Inserisci il valore della tua variabile');
Lo script continuerà solo dopo che avrai digitato il valore della variabile. A te ovviamente controllarne il tipo (numerico, stringa, ecc affinché non venga generato un errore)

Se invece vuoi visualizzare più grafici contemporaneamente basta che tu inserisca tutto dentro uno stesso comando plot:
codice:
plot(vettoreX,vettoreY,'b', vettoreX,vettoreY1,'r', vettoreX,vettoreY2,'g');
Ho usato uno stesso vettore di valori per la x e tre diversi vettori per la y, ma ovviamente è solo un esempio.