Beh non so come si faccia, ma devi gestire la cosa dal programma, imponendo che se esso viene aperto dal doppio clik del file si apra il file, appunto.
Ora mi viene in mente che potresti gestire la cosa con i paramentri args[] passati al metodo main, se non è passato nulla si apre il programma normalmente, se invece è passata una stringa contenente il path del file allora viene aperto quel file.
Però non so come fare a passare l'indirizzo del file al programma tramite un semplice doppio clik...spero qualcun'altro ti aiuti.
ciao