Io i file.vb li mettevo in bin

cd \Inetpub\wwwroot\nome_progetto\bin

poi

vbc /reference:System.dll,System.data.dll,System.dll,Sy stem.web.dll,System.Xml.Dll /t:library /out:CustomControls.dll CustomControls1.vb

Facendo così in bin troverai la dll oltre al file vb(Se non lo metti li non va con questo comando).
Ciao