usa:
function controlla(nome) {
if(document.forms[nome].elements[0].value<1) alert("Quantita minore di 0")
else document.forms[nome].submit();
}

ma devi modificare il pulsante di chiamata:

<input type='button' value='Agg' onClick="controlla('formA<? echo($id) ?>')">

Considera la possibilita' di usare un riferimento al form:

function controlla(obj) {
if(obj.elements[0].value<1) alert("Quantita minore di 0")
else obj.submit();
}

con il pulsante di chiamata:

<input type='button' value='Agg' onClick="controlla(this.form);">

ciao