esempio:

hai il file pippo.js nella directory c:/

hai il file pluto.html qui c:/giulia
e vuoi inserire il file pippo.js dentro pluto.html questo è il codice

<script src="../pippo.js"></script>

se hai il file topolino.html qui c:/giulia/maria scrivi

<script src="../../pippo.js"></script>

se hai il file clarabella.html qui c:/giulia/francesca/beatrice scrivi

<script src="../../../pippo.js"></script>

per ogni sottodirectory che aggiungi devi aggiungerci ../
praticamente ogni ../ di scende di una directory.

Spero di esserti stato di aiuto