Più in generale: il php è il linguaggio lato server, il server elabora lo script php e solitamente restituisce codice html: è questo che viene letto dal motore, quindi leggerà i tag, il testo nella pagina, segue i link ecc. ecc.
Ma se il tuo script php restituisce codice javascript, il motore non lo leggerà.
Perciò tu guarda com'è la tua pagina finale, se è in html il fatto che sul tuo server giri php, asp ecc. ecc. non ha importanza.