Il file "file.php" è nella root del server?
Per essere sicuro che non ti indicizzi il "file.php" inserisci
codice:
Disallow: /file
cosi non indicizzerà ne cartelle ne documenti che iniziano con file .
Ad es. filenuovo.htm - filevecchio.php - file.php

Puoi anche usare il tag
codice:
<META NAME="ROBOTS" CONTENT="NOINDEX">
all'interno della pagina da escludere.

Comunque da quello che ho visto per mia esperienza con Google i file esclusi vengono letti ma non restituiti nelle ricerche finali. Credo che comunque Google e gli altri motori un'occhiata a quello che nascondiamo la diano!

Ciao