Per evitare questo problema si puo', fra le soluzioni possibili, far seguire alle istruzioni javascript richiamate, un semplice "return false" che impone al browser di non proseguire l'azione e quindi non cambiare la pagina corrente.

Pertanto la sintassi diventa:

<A HREF="#"
onclick="window.open('indice.htm', '', 'scrollbars=yes,width=790,height=600'); return false;">

Nota che ho eliminato anche il parametro target, responsabile di far aprire il link in una ulteriore finestra.

ciao