Da adattare alle tue esigenze...
codice:
<input type=file onblur="valida(this)">
<script>
function valida(obj) {
	fi = obj.value
	if(fi!='') {
		ex = ("#"+fi.substr(fi.length-4)+"#").toLowerCase()
		if ("#.doc#.pdf#".indexOf(ex)<0) {
			alert('solo .doc o .pdf');
			return false;
		}
	} 
	return true;
}
</script>
ciao