se hai applicazioni aperte (dati non salvati)
con shutdown li perdi... (con l'opzione -f = forzi applicazioni aperte).

Per il resto è un normale comando DOS (p.s. forse nelle versioni di windows 9x non esiste, se non ricordo male, ma se consulti la guida in linea del sistema che stai utilizzando troverai sicuramente una valida alternativa)

Si, lo puoi tranquillamente inserire anche all'interno di un batch.