penso non ci sia soluzione, se ora vuoi utilizzare il tuo nuovo controllo ti tocca inserirlo nelle pagine aspx
Se questa operazione la fai con vs.net basta che trascini il controllo nella pagina e il codice lo mette lui.

per 30 pagine ci metti circa 5 minuti

in ogni caso asp.net "sopporta" gli include, quindi volendo usi il menù vecchio...

altro metodo molto veloce ma anche molto dangerous è un bel search and replace

occhio a quello che fai però !