Usare la loadMovieNum o la loadMovie è a tua discrezione.
Se vuoi che il livello sottostante rimanga vivo e coperto da un swf secondario è preferibile un livello mentre se il filmato che carichi appare in una sezione (una porzione un riquadro) del principale è meglio un caricamento in movieclip target.

I controlli su tutti gli oggetti vengono eseguiti grazie alla composizione del percorso che li identifica.

Per esempio se dal livello principale vuoi controllare un movieclip su livello 1 eseguirai per esempio:
_leve1.istanzamovieclip.gotoAndStop(2)

Se esegui il caricamento in mc target sarà sufficiente riferirti all'oggetto con il nome dell'istanza (ed eventualmente il prefisso _root):
_root.istanzamctarget.istanzamovieclip.gotoAndStop (2)