Dipende dallo script, ed io non conosco il tuo.

In linea di massima al posto di:
window.location.href = ...


Ma forse il tuo script e` fatto bene, per cui basta che aggiungi (come specificato nella linea di commento della matrice dei link):

Link[1] = "1|Home|http://www.javascriptsource.com|NOMEFRAME";

dove NOMEFRAME va sostituito dal valore dell'attributo name presente nel tag <frame> del frameset.