Se non hai necessità di portabilità del tuo programma su S.O. differenti, puoi sempre utilizzare i metodi nativi (per esempio, per l'algoritmo MD5): sono dei metodi che prendono la loro implementazione da librerie esterne compilate (come, per esempio, una DLL).
In questo modo puoi far sì che i dati più sensibili vengano criptati e che il tuo programma, per poterli utilizzare, si basi su un metodo nativo per la decriptazione.

Io, personalmente, non ho mai fatto uso di metodi nativi perchè non ne ho mai sentito l'esigienza né ho mai avuto la possibilità di utilizzarli, ma so che esistono (vengono usati anche dalle classi stesse del JDK), però per maggiori informazioni io non ti so aiutare (magari qualcun altro in questo forum ha già avuto a che fare con essi).


Ciao.