Devi fare un clrTimeout appena entrato nella funzione.

Ti serve pero` una variabile globale per passare il timer:
codice:
var ttt;
function MM_showHideLayers(livello, stato) { //v6.0
window.clrTimeout(ttt);
if (stato=='vis'){
		document.getElementById(livello).style.visibility='visible'
	}
	if (stato=='nasc'){
		document.getElementById(livello).style.visibility='hidden'
	}
}

function Ritardo(livello, stato){
ttt = window.setTimeout("MM_showHideLayers('" + livello + "', '" + stato + "')",100)
}
PS. Se modifichi una funzione di altri non dovresti tenere un nome probabilmente coperto da copyright (dovresti togliere il MM_ iniziale).

Ciao
Michele