Risolto l'arcano.

Il popup per una delle voci specifiche veniva ricaricato su se stesso lato server e quindi lo script di sopra, la opener, precisamente, diventava se stessa ed ecco che lo script impazziva.

Ho risolto caricando in una variabile Java l'opener chiamante (pagina madre), per la funzione specifica e così lo script procede regolarmente nel suo funzionamento.