Non c'è nessun nesso tra l'uso dei css per formattare e l'uso di JS per le popup; li puoi usare entrambi senza problemi.

L'unica alternativa al JS per le popup è l'utilizzo dell'attributo target del tag a:

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Ma naturalmente apre un'altra finestra intera, dotata di tutta l'interfaccia standard: menu, toolbar, eccetera.

Ciao!