Potresti provare a salvarli in formato rm (RealMedia). Riesci ad ottenere una buona qualità video e i file non sono molto pesanti. Io lo uso per mettere i filmati (anche di due minuti) sul WEB e non ho mai avuto segnalazioni di problemi di visualizzazione. Ritengo quindi sia un formato supportato anche da Linux.

Prova.

Fabio