Non c'è una regola fissa per fare un sito, dipende da che tipo di sito è e soprattutto da quanto è grosso e pieno di contenuti.
In linea generale ti consiglio di caricare sempre movie esterni per completare il sito, cosi da non appesantirlo troppo inizialmente.
Farlo tutto sulla timeline principale è un po' rischioso perchè può appesantirsi troppo e l'uso delle scene ti aiuterebbe nel gestirlo; esempio, se devi ritrovare la pagina "contatto" ti basterà andare sulla scena "contatto" se invece fai tutto sulla timeline volgio vederti andare a cercare un frame sui 1000 totali.
Altro consiglio, se vuoi fare tutto sulla TL, assegna hai pulsanti non il numero del frame ma l'etichetta del frame, naturalmente prima devi assegnarla.
Perchè se malauguratamente alla fine del sito dovrai spostarlo un po' per fare posto ad un solo frame, ti si scombineranno tutti i collegamenti al numero del frame. e li son cazzi rifarli tutti...

Comunque per aiutarti nel tuo preload devi inviare il codice, se no sarà difficile immaginarcelo noi.