secondo me può dipendere dal percorso dei file. Se sono stati impostati in maniera assoluta e questo percorso per forza di cose si modifica con il travaso su un'altra unità (F:\, D:\ eccetera) i filmati non vengono caricati. Fai questa prova, una volta lanciata l'index da cd (o cmq una pagina che contiene l'swf) se facendo tasto destro sulla pagina vedi il menu di flash che ti dice movie not loaded o filmato non caricato, il problema è di percorso.