Se usi LaTeX per generare i pdf mettere dei collegamenti ipertestuali è una cavolata, basta specificare una riga di codice nel tuo file.
imparare LaTeX però non è banale e non so se la soluzione può fare al caso tuo.

per tutte le informazioni in merito
http://www.guit.sssup.it

altrimenti con coreldraw si possono produrre pdf con link.

ciao
f