Ciao,

anche se non lo dici penso che il programma che crea i file giri in locale e quindi con l'identità di un utente di sistema, se è così un programma che gira sotto utente apache non può modificarli a meno che gli stessi non abbiano chmod 666, per cui l'unica è modificare il programma che crea i file in modo che attribuisca quei chmod ai file che crea.