La prima versione e` dubbia, perche` la pagina potrebbe chiudersi prima di riuscire a completare il JS (che quindi va perso).

La seconda versione e` piu` sicura.

Dovrebbe funzionare in tutti i browser attuali, ma l'istruzione window.open e` deprecata nelle versioni piu` moderne di XHTML.
Inoltre i browser moderni sono in grado di tagliare in modo automatico i popup non desiderati, per cui il tuo potrebbe cadere sotto tale forca.

Ciao
Michele