Spero di aver capito.....comunque...per aprire una finestra di popup devi fare tutto ciò tramite java script, questo script è in parte sul filmato flash e in parte sulla pagina (nella quale è inserito il l'swf)html. Indipendentemente dai frame che usi se hai inserito il codice nei posti giusti non dovresti avere nessun problema!

Prova così!
ciaux