Le puoi eliminare fisicamente, ma credo che FP non riconoscerà più la cartella principale come suo "WEB" e potresti perdere alcune funzioni come ad esempio la creazione di link automatici.

Hai due scelte:
-Ignora le cartelle e continua a lavorare con il "web" di FP.
-Lavora pagina per pagina singolarmente, immettendo manualmente in modalità "HTML" i link, le immagini etc...In questa maniera non avrai più le cartelle indesiderate.