visto che usi le inno db puoi fare una cosa

copia solo le cartelle dei db che sono presenti in (backup)

c:\mysql\data\cartelledb

rimuovi mysql completamente con i comandi sopra anche dai servizi

rimuovi da riga di comando il servizio
quindi installazioni appicazioni rimuovi driver e mysql
rimuovi a mano la cartella
c:\mysql
e c:\document and settings\nomeutente\.mysqlcc

poi reinstalla tutto da 0
ed imposta la password root come specificato sopra
e imposta anke il servizio vedi sopra
starta il servizio

poi provi ad entrare con il control center

se entri e vedi il db di prova perfetto
chiudi il controlcenter
stoppi il servizio di mysql
a questo punto ripristini i tuoi db dentro la cartella

c:\mysql\data

restarti il servizio e provi a connetterti dinuovo con il controlcenter

dovresti vedere tutti i tuoi vecchi db