credo tu intenda tabelle per cartelle, cioè directory giusto? Non mi risulta ci siano rallentamenti percepibili, a livello teorico un file posto in una cartella con un percorso tortuoso rispetto alla pagina che lo richiama può trovarsi anche adiacente alla pagina nel disco mentre un file nella stessa cartella può trovarsi in un punto distante, senza considerare che lo stesso file può essere anche frammentato in giro per il disco, dipende dal file system, alla fine tutte le tue sottocartelle corrispondono a un nome solo un po' più lungo, influisce un nome lungo al caricamento di un file? :master: mi sa che il server se ne strafrega. Però imho.
ah dimenticavo i css. cosa significi ne colleghi solo uno per file? sospetto che sia diverso da pagina a pagina? in questo caso è sbagliato, tutto il codice comune alle pagine lo devi tenere nello stesso file che viene caricato solo la prima volta poi rimane in cache, e casomai se ci sono pagine con codice css particolare solo per loro allora se è lungo separarlo dal resto e per quelle pagine caricare il css principale e quello specifico.