Sì, entrambe le animazioni devono trovarsi nello stesso frame, in due movieclip distinti; è più comodo se li metti in due layer, anch'essi distinti.

Con lo stop nell'ultimo frame del primo, l'altro, se è più lungo, è normale che continui a vedersi.

Neanche dirlo: il frame in cui ci solo i due movieclip deve avere uno stop ();

NAP