non so se ho capito bene, nel div vorresti mettere dei frame?
bruttina come cosa secondo me...
comunque penso che il modo migliore sia usare degli iframe da posizionare all'interno del div. non so con cosa sono compatibili però

un altro modo è quello di ottimizzare quel file in un unica pagina senza frame.

eviterei decisamente l'innerHtml. poco compatibile e molto pesante per il client.