Poi devi ricordarti di inserirla nella root del sito
Questo non è vero. Sia che l'immagine risieda nell root o in una sottocartella è indifferente, l'unica cosa di differente mi sembra di aver capito che se metti l'immagine nella root principale, non hai bisogno del tag:
<link href="../immagini/favicon.ico" rel="shortcut icon" />,
però l'immagine si vedrà solamente nelle pagine della root principale e non nelle cartelle interne.