Certo: occorre fare array di array:

Esempio per una array 5x7:
var arr = new Array(5);
for(var i=0; i<arr.length; i++) {
arr[i] = new Array(7);
}

I vari elementi vanno indirizzati con:
arr[i][j] // con i=0..4; j=0..6

Ciao
Michele